Regnskogen

92% av Perus regnskog ligger i Amazonas och inom detta område finns landets största mångfald vad det gäller växter och djur och mäter en yta på 62.7 miljoner hektar. Regnskogen är hem för mer än 60% av jordens biologiska mångfald.

Manu: Manu Biosphere Reserve ligger i provinsen Manu vid Madre de Dios och provinsen Convención i Cusco. Manu nationalpark täcker en yta på 1.7 miljoner hektar och är Perus största naturskyddsområde och en av de största på jorden med en biologisk mångfald som inte går att jämföra med någon annan plats. Manu har uppskattningsvis mer än tusen olika fågelarter, två till tretusen växtarter (med ca 10% som fortfarande är okända för vetenskapen) och 200 däggdjurs arter. Unesco förklarade Manu Biosphere Reserve till natur världsarv 1987 och området står under tre olika former av skydd med ett som inte får röras, ett där turism, forskning och resurser kontrolleras strikt och ett där byar och jordbruk är tillåtet.

Tambopata: Tambopata ligger i sydvästra regionen av Perus regnskog intill Manu. Med över en miljon hektar finns även här en otrolig biologisk mångfald med över 1200 olika fjärilar, 575 olika fågelarter, 135 olika sorters myror, 103 sorters trollsländor, 103 däggdjur och över 60 groddjur och 67 olika reptiler, 5 arter av sköldpaddor, 4 olika krokodiler och 22 arter av små ödlor. 94 olika arter av fisk har också identifierats. Tambopatas flodområden är ansett vara en utav världens rikast ekosystem.  Där finns intakta flockar av gigantisk flodutter, Syd Amerikansk bush hund, svart caiman och Harpy örn som alla hotas av utrotning. En annan attraktion i Tambopata är de 1400 olika växter som finns i området.

Pacaya Samiria National Reserve: Ligger i Loreto med en yta på mer än två miljoner hektar och är det största reservatet i landet. Har ett rikt vildliv med 132 däggdjurs arter med flertalet apor, 330 fågelarter och mer än 150 reptil och groddjur och 220 olika fiskarter. Dess flora har minst 847 arter utspritt på 118 familjer av vilka 22 är orkidéer